Il y a bien longtemps, la vallée de Cerbère était couverte de forêts et peuplée surtout d'animaux sauvages. Des écrits anciens de géographes grecs tels que Strabon ou d'auteurs latins tels que Pline Le Jeune, dans leurs descriptions du Monde Antique, citent souvent un lieu peuplé de cerfs "locus cervaria", aux confins des Gaules.

Au troisième siècle avant J.C., les grecs implantent une colonie à EMPURIAS, cinquante kilomètres plus au sud.
Les romains vont succéder aux grecs et maintenir cette cité de la mer en activité pendant plus de 600 ans.
Il est donc normal que la vallée des cerfs soit fréquentée, puisque sur la voie d'EMPURIAS à PORTUS VENERIS (Port-Vendres) et ILLIBERIS (Elne).

Du passé subsistent de nombreux mégalithes (voir patrimoine) dans cette partie des Albères : outre les quelques menhirs et dolmens sur notre vallée, on en recense d'autres vers COLERA et le versant sud des Pyrénées.

A cette époque, ils étaient redoutés comme des "pierres du diable".

Ce sont Charlemagne et sa descendance Charles le Chauve, qui au bénéfice de la réunification de l'Europe, lancent les grandes constructions d'églises et de monastères dès le IXème siècle.

Elne sera la première cité à recevoir un Evêché, puis Saint André à Sorède, Saint Genis des Fontaines, etc. … et Sant Quirze de Culera. C'est à cette période qu'une chapelle nommée Sant Salvador de Cervera est sous l'autorité du monastère de Quirze.

A cette époque les territoires font l'objet de nombreux actes notariés de ventes, cessions, mises sous autorité et l'on cite l'anse de Par Im Baus (Terrimbo), la Cala de Par Baus (Port-Bou), ainsi que celle de Baus Fallut (Bou Fallut au Cap Cerbère).
Au XIVème siècle, la vallée de Sant Salvador de Cervera est enfin habitée de manière sédentaire par deux familles les MARCH et les BONAVIA.
Ces derniers sont la famille du Bailli JEHAN de PAVO, Donzell Damoiseau de Cervera et de Quer Roig.

Quer Roig, le nom d'un rocher promontoire où fut bâti une tour de guet. Est-ce la couleur rouge des schistes ou le fait que des feux de signalisation étaient allumés, qui a donné son nom à ce pic remarquable : nul ne le sait. Ceci dit le Caro Rubio, ou Quer Roig selon la langue utilisée est cité comme limite de propriété.

Peu à peu, cette vallée devient dépendante de familles de pêcheurs installées à Banyuls de la Marenda.
En décembre 1640, un pacte est conclu entre Louis XIII et le Prince de Catalogne, contre le Royaume Espagnol.
La conquête du Roussillon va aboutir au Traité des Pyrénées en 1659, ratifié sous Louis XIV. C'est justement grâce aux citations grecques et latines de la Vallée des Cerfs, avec entre autres le fameux "Locus Cervaria Finis Galliae", c'est à dire "au lieu dit Cervaria, finissent les Gaules", que le Roussillon et Cerbère devinrent Français.

Jusqu'à la veille de la Révolution, la vallée de Cerbère reste peu fréquentée. 1789 va libérer les acquis féodaux et titres de propriétés, incitant les familles de Banyuls à venir étendre leurs cultures de la vigne sur la vallée de Cerbère.
En 1820, dix familles au maximum résident en permanence au côté de quelques pêcheurs saisonniers. C'est à cette période que va se développer la contrebande avec l'Espagne, par voie maritime. L'administration douanière décide alors de faire bâtir à Cerbère un poste frontière en 1841 : les écrits sont révélateurs de l'ampleur du trafic, les étoffes, le tabac, etc … Cerbère devient un Hameau, avec un imposant immeuble des douanes.

Le grand tournant va être amorcé avec l'avènement du rail.
En 1846, l'Etat entame les études pour la ligne ferroviaire avec l'Espagne.
Le trajet côtier est choisi in fine, car les investisseurs publics et privés misent sur le trafic de marchandises par voie maritime de Port-Vendres avec l'Afrique du Nord et les Baléares.
En 1858 est ouverte la gare de Perpignan. Le rail atteint Port-Vendres en 1867, Banyuls en 1876 et en 1878 le premier convoi traverse les Pyrénées à Cerbère. A ce moment notre localité est forte de 800 âmes, la plupart liées à ce grand chantier ferroviaire.

Il est compréhensible qu'à ce stade de croissance, le Hameau de Cerbère veuille prendre le large par rapport à Banyuls et voler de ses propres ailes : c'est ce qui est réalisé en 1888.
Dominique Mitjavile, jusqu'alors premier adjoint du Maire de Banyuls devient le premier Maire de la toute nouvelle Commune de Cerbère lors de la première élection communale du 15 juillet 1888.

A partir de cette date de naissance, Cerbère va connaître un demi-siècle de prospérité, sans exploser démographiquement, comme dans un microcosme.
Toute son activité tournera autour du train et de la frontière, avec l'exploitation de la gare, le transit des marchandises et des personnes, les formalités administratives d'import - export, le dédouanement et la manutention des marchandises.

Depuis la deuxième guerre mondiale, le tourisme balnéaire se développe.